Eerste botanische werken
Dodoens’ eerste botanische werken verschenen bij de Antwerpse drukker Jan van der Loe. In 1543 verscheen zijn Nederlandse vertaling van de stirpium historia van Leonhart Fuchs, onder de titel Den nieuwen herbarius. In de jaren 1552-1554 publiceerde hij drie plantenatlassen in het Latijn, voorlopers van het beroemde kruidenboek van 1554. De tweede atlas, Trium priorum de stirpium historia commentariorum imagines verscheen in 1553.
Cruijdeboeck
Dodoens was 37 jaar oud toen hij in 1554 bij van der Loe zijn Cruijdeboeck uitgaf. Het is een werk van grote wetenschappelijke waarde, dat een fundamentele basis legde voor botanisten en medici van latere generaties. Het boek beschrijft de onderdelen, groeiplaatsen, bloeitijd en geneeskrachtige waarde van elke plant en behandelt het gebruik ervan in keuken, kunst en nijverheid. Dodoens rangschikte gelijkgebouwde planten bij elkaar, wat voor die tijd zeer vernieuwend was. Hij publiceerde zijn bevindingen in het Nederlands zodat niet alleen medici en apothekers, maar ook gewone kruidenliefhebbers het konden begrijpen. Het Cruijdeboeck geldt als een meesterwerk van de plantkunde en werd na de bijbel het meest vertaalde boek in de zestiende eeuw.
Stirpium historiae pemptades sex
Vanaf 1566 publiceerde Dodoens zijn botanische werken bij Christoffel Plantijn. Zijn reuzewerk Stirpium historiae pemptades sex, een Latijnse uitbreiding van het Cruijdeboeck in zes grote delen, verscheen in 1583. Door de enorme omvang verscheen het tussen 1565 en 1582 eerst in delen en in 1583 volledig. Het tweede deel, de Florum et coronariarum odoratarumque herbarum historia (Beschrijving der planten merkwaardig door hun bloemen en geuren) verscheen in 1568. De herbaria zijn rijkelijk met houtsneden geïllustreerd, om de kenmerken van bladeren, stengel en kroonbladeren zo goed mogelijk weer te geven.
